當(dāng)前的研究方向
細(xì)胞的“身份”長期被記錄在染色質(zhì)修飾之中，但這些化學(xué)標(biāo)記是可被反復(fù)抹除-重寫的，那么在不斷翻新的標(biāo)記體系里，穩(wěn)態(tài)如何被維系？又是什么作用讓系統(tǒng)跨過閾值、滑向疾病？為回答這一核心問題，實驗室同時發(fā)展創(chuàng)新實驗技術(shù)與計算模型，并聚焦兩條互補生物體系：（1）神經(jīng)細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄-表觀遺傳穩(wěn)態(tài)：神經(jīng)元如何在數(shù)年乃至數(shù)十年內(nèi)保持活動依賴的基因表達(dá)程序？穩(wěn)態(tài)的變化如何導(dǎo)致阿爾茨海默病（AD）和成癮？（2）T 細(xì)胞的命運選擇：基因調(diào)控穩(wěn)態(tài)的變化如何決定增殖、殺傷與耗竭之間的平衡？能否重新設(shè)定 “穩(wěn)態(tài)閾值” ，以增強腫瘤免疫療效或緩解自身免疫？
我們發(fā)展基因組分析、編輯與調(diào)控技術(shù)，多組學(xué)、多模態(tài)數(shù)據(jù)的分析框架，力求描繪出穩(wěn)態(tài)-失穩(wěn)的能量景觀，從數(shù)據(jù)和實驗中解析關(guān)鍵因素，尋找可逆干預(yù)窗口，為神經(jīng)退行性疾病與免疫相關(guān)疾病提供新的治療策略。
科學(xué)貢獻(xiàn)
1、凝聚體與細(xì)胞的穩(wěn)態(tài)維持（Cell 2024）
2、神經(jīng)系統(tǒng)的注意力機制與皮層-丘腦回路的調(diào)控（Nature 2020）
3、神經(jīng)系統(tǒng)的單細(xì)胞核表征技術(shù)與神經(jīng)再生的分子解析（Science 2016）
4、精準(zhǔn)基因編輯系統(tǒng)
5、合成生物學(xué)和基因電路
榮譽和獎項
2019 MIT Technology Review TR35 China
2016 國家優(yōu)秀自費留學(xué)生，特別優(yōu)秀獎
2016 Wenner-Gren Fellowship
2013 McGovern Institute Fellowship
代表性論文
1. He J*, Huo X*, Pei G*, Jia Z*, Yan Y, Yu J, Qu H, Xie Y, Yuan J, Zheng Y, Hu Y, Shi M, You K, Li T, Ma T, Zhang MQ, Ding S, Li P#, Li Y#. Dual-role transcription factors stabilize intermediate expression levels. Cell. 2024 Apr 10:S0092-8674(24)00314-3.
2. Li Y*, Lopez-Huerta VG*, Adiconis X*, Levandowski K, Choi S, Simmons SK, Arias-Garcia MA, Guo B, Yao AY, Blosser TR, Wimmer RD, Aida T, Atamian A, Naik T, Sun X, Bi D, Malhotra D, Hession CC, Shema R, Gomes M, Li T, Hwang E, Krol A, Kowalczyk M, Pe?a J, Pan G, Halassa MM, Levin JZ#, Fu Z#, Feng G#. Distinct subnetworks of the thalamic reticular nucleus. Nature. 2020, 583(7818):819-824.
3. Habib N*, Li Y*, Heidenreich M, Swiech L, Avraham-Davidi I, Trombetta JJ, Hession C, Zhang F#, Regev A#. Div-Seq: Single-nucleus RNA-Seq reveals dynamics of rare adult newborn neurons. SCIENCE. 2016, 353(6302):925-8.
